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目前常見(jiàn)的微生物鑒定原理有以下幾種：

1. 酸堿反應(yīng)：細(xì)菌代謝碳水化合物，一般產(chǎn)生酸性物質(zhì)；分解蛋白質(zhì)或氨基酸，則產(chǎn)生堿性物質(zhì)，根據(jù)不同細(xì)菌的理化性質(zhì)不同，測(cè)定細(xì)菌的分解底物導(dǎo)致PH值變化而產(chǎn)生的不同顏色，來(lái)判斷菌種。

2. 酶譜分析：根據(jù)細(xì)菌生長(zhǎng)產(chǎn)生酶的特性，在測(cè)定底物中加入基質(zhì)。使其與細(xì)菌生長(zhǎng)過(guò)程中的酶結(jié)合成熒光物質(zhì)，可以在較短的時(shí)間判定菌種。

3. 高壓液相色譜分析：用氣相色譜檢測(cè)細(xì)菌在液體培養(yǎng)基中的代謝產(chǎn)物（揮發(fā)和非揮發(fā)脂肪酸），結(jié)果與數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)比較后，得出鑒定結(jié)果。

4. 代謝指紋法：20世紀(jì)80年代初，美國(guó)BIOLOG公司開(kāi)發(fā)了一種新的微生物鑒定方法-代謝指紋法，并將其應(yīng)用于微生物的自動(dòng)化檢測(cè)。其原理是根據(jù)細(xì)菌對(duì)碳源（或氮源）利用的差異來(lái)區(qū)別和鑒定細(xì)菌，不同的細(xì)菌會(huì)利用不同碳源（或氮源）進(jìn)入新陳代謝過(guò)程（稱為呼吸），而對(duì)其他一些碳源（或氮源）則無(wú)法利用，將每種細(xì)菌能利用和不能利用的一系列碳源（或氮源）進(jìn)行排列組合，就構(gòu)成了該種細(xì)菌特定的代謝指紋，由于細(xì)菌在利用碳源進(jìn)行呼吸時(shí)，會(huì)發(fā)生一系列的氧化-還原反應(yīng)，產(chǎn)生電子，TTC（四唑紫，2，3，5-TriphenylTetrazoliumChloride）在呼收電子后，會(huì)由無(wú)色的氧化型轉(zhuǎn)變?yōu)樽仙倪€原型，通過(guò)肉眼觀察或計(jì)算機(jī)控制的讀數(shù)儀，將反應(yīng)結(jié)果同數(shù)據(jù)庫(kù)中的指紋進(jìn)行比對(duì)，從而得到細(xì)菌的鑒定結(jié)果。

BIOLOG公司的基于代謝指紋法原理的細(xì)菌鑒定系統(tǒng)，在擁有二十多項(xiàng)，該系統(tǒng)在在96孔板條上實(shí)現(xiàn)95個(gè)反應(yīng)，大大提高了鑒定的準(zhǔn)確率，代謝指紋技術(shù)的運(yùn)用，使該系統(tǒng)與傳統(tǒng)的酸堿或細(xì)菌的生長(zhǎng)反應(yīng)相比。細(xì)菌鑒定的范圍更為廣泛。目前，BIOLOG的微生物鑒定系統(tǒng)不僅能夠鑒定常見(jiàn)的腸桿菌、芽孢桿菌、棒狀桿菌、嗜血桿菌、厭氧菌、酵母樣真菌、絲狀真菌等近2000種微生物，幾乎覆蓋了所有重要的人體、動(dòng)植物微生物和大部分環(huán)境微生物。

現(xiàn)在，美國(guó)半數(shù)以上的州立實(shí)驗(yàn)室和國(guó)家疾控中心（CDC）都在使用BIOLOG公司的產(chǎn)品，十幾年來(lái)，BIOLOG公司在六十多個(gè)國(guó)家和地區(qū)共銷售了1700多套微生物鑒定系統(tǒng)，今天，BIOLOG公司也來(lái)到了中國(guó)，與復(fù)星合作成立復(fù)星佰路，其專為中國(guó)臨床市場(chǎng)開(kāi)發(fā)的基于代謝指紋技術(shù)的微生物鑒定及藥敏分析系統(tǒng)將為臨床實(shí)驗(yàn)室和廣大患者帶來(lái)更可靠的微生物檢測(cè)結(jié)果。