低溫巴氏殺菌機一般經過巴氏殺菌的食品仍會含有許多能夠生長的微生物，通常每毫升或每克中有幾千個活菌，比商業(yè)殺菌的產品的貯藏期有所縮短。巴氏殺菌技術除用于液態(tài)食品(果汁、牛乳)、酸性食品和果醬罐頭等外，還向其他領域滲透。
巴氏殺菌法為牛奶的一種常用滅菌法，既可殺死對健康有害的病原菌又可使乳質盡量少發(fā)生變化。也就是根據(jù)對耐高溫性*的結核菌熱致死曲線和乳質中很容易受熱影響的奶油分離性熱破壞曲線的差異原理，在低溫下長時間或高溫下短時間進行加熱處理的一種方法。其中，在60℃以下加熱30分鐘的方式，作為低溫滅菌的標準，早為世界廣泛采用。利用高溫處理，雖對乳質多少有些影響，但可增強滅菌效果，這種方法稱為高溫滅菌，也就是在95℃以上加熱20分鐘。巴氏滅菌法除牛奶之外，也可應用于發(fā)酵產品。巴氏滅菌法，亦稱低溫消毒法，冷殺菌法，是一種利用較低的溫度既可殺死病菌又能保持物品中營養(yǎng)物質風味不變的消毒法。采用較低溫度(一般在60～82℃)，在規(guī)定的時間內，對食品進行加熱處理，達到殺死微生物營養(yǎng)體的目的，是一種既能達到消毒目的又不損害食品品質的方法。
與巴氏殺菌機相對得是高溫殺菌一般采用采用121℃以上滅菌數(shù)秒。營養(yǎng)成分上，高溫殺菌由于溫度較高，營養(yǎng)物質破壞也會比巴氏殺菌多，但破壞的主要是維生素等微量營養(yǎng)物質，其他蛋白質、脂肪等無太大差異。巴氏殺菌營養(yǎng)破壞較少，但由于不能殺死所有細菌，所以保質期也較短，高溫殺菌保質期時間長。根據(jù)產品包裝、工藝、產量來確定合適的設備型號。
所以綜上比較還是相對來說巴氏殺菌更能保留營養(yǎng)。
低溫巴氏殺菌機的巴氏殺菌是將混合原料加熱至68～70℃，并保持此溫度30min以后急速冷卻到4-5℃。因為一般細菌的致死點均為溫度68℃與時間30min以下，所以將混合原料經此法處理后，可殺滅其中的致病性細菌和絕大多數(shù)非致病性細菌；混合原料加熱后突然冷卻，急劇的熱與冷變化也可以促使細菌的死亡。
在一定溫度范圍內，溫度越低，細菌繁殖越慢；溫度越高，繁殖越快(一般微生物生長的適宜溫度為28℃―37℃)。但溫度太高，細菌就會死亡。不同的細菌有不同的適生長溫度和耐熱、耐冷能力。巴氏消毒其實就是利用病原體不是很耐熱的特點，用適當?shù)臏囟群捅貢r間處理，將其全部殺滅。
但經巴氏消毒后，仍保留了小部分無害或有益、較耐熱的細菌或細菌芽孢，因此巴氏消毒牛奶要在4℃左右的溫度下保存，且只能保存3~10天，多16天。
當今使用的巴氏殺菌程序種類繁多。“低溫長時間”(LTLT)處理是一個間歇過程，如今只被小型乳品廠用來生產一些奶酪制品。“高溫短時間”(HTST)處理是一個“流動”過程，通常在板式熱交換器中進行，如今被廣泛應用于飲用牛奶的生產。通過該方式獲得的產品不是無菌的，即仍含有微生物，且在儲存和處理的過程中需要冷藏。“快速巴氏殺菌”主要應用于生產酸奶乳制品。
低溫巴氏殺菌機廠家認為不同的食品采用巴氏殺菌，有著不同的目的。某些食品，特別是牛乳、全蛋、蛋清和蛋黃，巴氏殺菌主要是破壞可能存在的病原菌，如結核桿菌和沙門氏菌。另外，大多數(shù)食品，如啤酒、果酒(葡萄酒)和果汁等采用巴氏殺菌的目的是從微生物和酶的角度來延長產品的貨架壽命。
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